In 1940, prototipul Ju 86P a zburat prima data, fiind proiectat ca un avion de altitudine mare, s-a observat ca in timpul testelor putea atinge 12000m. Luftwaffe, fiind multumita de aceste performante, a comandat ca 40 de bucati din modelele vechi sa fie convertite la aceasta varianta (Ju 86P-1 - bombardier si Ju 86P-2 avion de recunoastere). Varianta P-2 avea camerele foto instalate in cala de bombe si a fost folosit imediat in misiuni de recunoastere deasupra Angliei la inaltimi de 12500m. In aceste circumstante au ramas nedetectate. Datorita inaltimii la care puteau zbura Ju 86P erau imune atacurilor avioanelor de vanatoare, aceasta pana cand un Spitfire Mk V modificat a doborat unul langa Cairo, Egipt. Dupa aceasta, la scurt timp i s-a instalat o mitraliera cu foc spre spate, insa acest fapt nu a impiedicat alte doua aparate sa fie doborate. In 1943 Ju 86P au fost scoase din uz. Convertit din varianta P, Ju 86R-1 a fost noul model de avion de recunoastere. Cu o anvergura de 32 de metri, putea atinge 14400m. Aceasta varianta avea montate doar doua camere. Acestea au ramas in serviciu realizand misiuni de recunoastere pana in vara lui 1944.